Glede na to ugotavljamo, da je Agencija občino opozorila, da je treba v skladu z 11. členom prehodnih določb zakona o spremembah in dopolnitvah zakona o ohranjanju narave za plane, ki lahko pomembno vplivajo na območje Natura 2000, izvesti presojo sprejemljivosti posegov v naravo v skladu z 8. členom te uredbe.
Ne glede na to, da vlada v svojem sklepu ugotavlja usklajenost sprememb in dopolnitev prostorskih sestavin planskih aktov občine Komenda z obveznimi izhodišči prostorskega plana Slovenije na področju varstva narave, pa je v času postopka sprejemanja sprememb že veljala uredba o posebnih varstvenih območjih, to je Natura 2000, iz katere izhaja, da je treba pri nadaljnjem načrtovanju izvesti presojo sprejemljivosti plana na posebna varstvena območja. Kaj to pomeni?