Pri ravnanju z odpadki sklad spodbuja projekte za vzpostavitev učinkovitega sistema ravnanja z odpadki, in sicer s povečanjem snovne in energetske izrabe odpadkov ter zmanjšanje emisij toplogrednih plinov. Pri zaščiti vodnega okolja in vode kot naravne dobrine se sklad vključuje z ugodnimi krediti, kreditiranjem naložb občin in komunalnih podjetij v objekte in naprave za izvajanje obveznih lokalnih gospodarskih javnih služb, varstvo okolja, in sicer oskrbe s pitno vodo in odvajanja in čiščenja odpadnih voda ter s kreditiranjem gospodarskih družb, zasebnikov in občanov, ki izvajajo projekte, katerih učinki pomenijo manjše obremenitve voda in učinkovito rabo vode. Ekološki sklad Republike Slovenije, javni sklad, mora za nemoteno opravljanje svoje dejavnosti v letu 2007 in že objavljena razpisa za financiranje okoljskih naložb zagotoviti sklenitev pogodbe za črpanje sredstev v višini 30 milijonov evrov še pred koncem leta 2007, v Državnem zboru pa seveda
predhodno pridobiti poroštvo države, saj bo le tako pridobil najugodnejše posojilo in kot tako tako ugodnega plasiral tudi naprej v prej navedene ekološke projekte.