Prednosti javnih zavodov je res v bolj enostavnem financiranju in lažjem finančnem nadzorovanju, vendar imajo številne pomanjkljivosti, povsem nestimulativen sistem plačevanja zaposlenih kot javnih uslužbencev, togost pri uporabi človeških virov, nestimulativen in posledično neučinkovit menedžment, zastarelo organizacijo, neracionalno izrabo materialnih virov in pomanjkanje sredstev za investicije. Ob tem njihova deklariranja neprofitnost zbledi, saj kronične izgube nikakor ni mogoče enačiti z neprofitnostjo. Tudi za zdravstvo namreč velja zakon vrednosti, kar pomeni, da se vse na takšen ali drugačen način plača.