Njihov glavni in pravzaprav edini argument je bil, da bi s predlagano spremembo sestave upravnih odborov javni raziskovalni zavodi izgubili tisto raven avtonomije, ki razlikuje med javnim in državnim.
V Slovenski demokratski stranki se zavedamo, da raziskovalni programi, ki predstavljajo javno službo na področju raziskovalne dejavnosti in ki jih potrdi upravni odbor, morajo v prvi vrsti slediti javnim interesom in nacionalnim prioritetam raziskovalne politike, sprejetim v nacionalnem raziskovalnem in razvojnem programu. Vlada v svojem mnenju navaja (citiram): 'Za uresničevanje nacionalne raziskovalne politike je odgovorna vlada, ki tudi prek svojih predstavnikov, ki morajo biti v večini v upravnih odborih javnih raziskovalnih zavodov, to svojo odgovornost in obveznost lahko sploh uresničuje.