Ustavna pogodba bo s svojo uveljavitvijo ukinila tudi stebrno strukturo Unije, ki je veljala z uveljavitvijo maastrichtske pogodbe. S tem, ko ustavna pogodba ukinja stebrno strukturo Unijo, tudi uvaja enoten postopek sprejemanja in odločitev, kar v formalnem smislu pomeni, da uvaja komunitarno metodo na vsa področja sprejemanja odločitev. Komunitarna metoda je za manjše članice boljša, ker so njeni glavni akterji evropske institucije, ki zasledujejo skupni interes, medtem ko je pri uporabi medvladne metode v ospredju odločanje v državah članicah.