Druga dopolnitev zakona prinaša nove obveznosti glede izvajanja fitosanitarnih pregledov in postopkov v zvezi z leseno embalažo.
Nova je tudi določitev razmerij med organi Republike Slovenije, pristojnimi za fitosanitarno področje, in organi skupnosti. Predvsem gre za sodelovanje, poročanje in navsezadnje tudi financiranje nekaterih postopkov.