Isti člen tudi določa, da bosta obe pogodbenici, se pravi, Slovenija in Hrvaška, financirali vsak polovico stroškov, povezanih s programom razgradnje in odlaganjem radioaktivnih odpadkov. Že takrat smo opozarjali, da osnutek direktive Evropske unije o ravnanju z jedrskimi odpadki določa, da mora za celotne odpadke poskrbeti država, na območju katere se objekt nahaja.
Druga točka našega nestrinjanja z ratifikacijo, sicer manj pomembna, je bil način postavitve in delovanje uprave jedrske elektrarne.