Poraja pa se nam vprašanje, ki je bilo izrečeno že na javni predstavitvi mnenj. Namreč, da pri sestavljanju strategije še niso bila določena posebna varstvena območja za uredbo vlade, da niso še določena posebna varstvena območja oziroma omrežje Natura 2000, ki pa naj bi bila določena ob vstopu Slovenije v Evropsko unijo.
Strokovne podlage so za razglasitev posebnih varstvenih območij opredeljenega v 38% območja Slovenije - Nature 2000.