V uvodni obrazložitvi predloga zakona je predlagatelj zakona predstavil razloge za spremembo in dopolnitev posameznih določb zakona o ohranjanju narave, ki se nanašajo na uskladitev z zahtevami direktive o habitatih in direktive o pticah, do dneva pristopa Republike Slovenije k Evropski uniji.
Razen tega je potrebno z ustrezno zakonsko prilagoditvijo vzpostaviti pravno podlago za izpeljavo postopka notifikacije potencialnih Natura območij in zagotavljanje varstva teh območij do njihove potrditve s strani organov Evropske unije.
Sprememba in dopolnitev predloga zakona zagotavlja tudi presojo sprejemljivosti planov in posegov v naravo na območjih Natura 2000 in uskladitev z rešitvami po predlogu zakona o varstvu okolja, ki je v postopku sprejemanja, in drugimi zakoni.