Dinamika uresničevanja nacionalnega programa je razdeljena na časovna obdobja, ki so usklajena s proračunskimi obdobji Evropske unije in sicer 2003-2006 iz 2007-2013 ter po letu 2013. V okviru tretjega časovnega obdobja izvajanja nacionalnega programa po letu 2013, se bo nadaljevalo z gradnjo preostalih odsekov avtocest, hitrih in navezovalnih cest, ki niso bile sestavni del nacionalnega programa, ampak so sedaj kot sestavni del vključeni v ta nacionalni program in katerih prioriteta gradnje se bo določala v odvisnosti od navedenih strokovnih kriterijev s planskimi dokumenti. Natančna prostorska zasnova in kategorizacije teh odsekov, ki so sestavni del dodatnega nacionalnega programa, bo opredeljena s strategijo prostorskega razvoja Republike Slovenije in z zakonom o javnih cestah.