Vlada Republike Slovenije je na 59. redni seji dne 14. januarja 2002 določila besedilo predloga zakona o ratifikaciji sporazuma in ga poslala v obravnavo in sprejem državnemu zboru Republike Slovenije. Zaradi različnih razlag vsebine sporazuma v javnosti je vlada, čeprav je sama menila, da sporazum ni v nasprotju z ustavo Republike Slovenije, ta sporazum v skladu z drugim odstavkom 106. člena ustave Republike Slovenije poslala v mnenje ustavnemu sodišču, državnemu zboru predlagala, da z ratifikacijo počaka do izreka mnenja ustavnega sodišča Republike Slovenije o skladnosti sporazuma z ustavo te iste republike. Ustavno sodišče je na seji 19. novembra 2003 izreklo mnenje, da določbe sporazuma niso v neskladju z ustavo, v kolikor se 1. člen razlaga tako, da je Katoliška cerkev zavezana pri svojem delovanju na tako imenovanih mešanih področjih - to pa so področja, na katerih se delovanje Katoliške cerkve in države pokriva oziroma prepleta - torej
je na teh področjih zavezano spoštovati pravni red Republike Slovenije.