V tem smislu priloga 13 obsega dogovorjena prehodna obdobja in izjeme za Slovenijo. Na področjih prostega pretoka blaga, prostega gibanja delovne sile, svobode opravljanja storitev, prostega pretoka kapitala z možnostjo uporabe splošne zaščitne klavzule za nakup nepremičnin v Sloveniji, kmetijstva, obdavčitve, socialne politike in zaposlovanja, energetike in okolja. Sestavni del pogodbe so tudi protokoli, s katerimi so urejeni dogovori o vprašanjih, ki sicer nimajo podlage v kateri izmed izvirnih pogodb.