Predlagateljica zakona je pripravila le tiste nujne spremembe zakona, ki so bile potrebne zaradi njegove uskladitve s sistemsko zakonodajo oziroma tiste spremembe in dopolnitve, ki so bile zaradi sprejete sistemske zakonodaje nujne, da bi se poudaril poseben položaj agencije v odnosu do drugih organov izvršilne oblasti. Tako na primer predlagamo, da se za postopek imenovanja direktorja agencije ohrani dosedanji postopek in ne postopek izbire direktorja na podlagi javnega natečaja. Takšna ureditev je tudi povsem skladna z zakonom o javnih uslužbencih, ki med drugim določa, da so lahko posamezna vprašanja za uradne osebe s posebnimi pooblastili z zakonom drugače urejena, kot so urejena v zakonu o javnih uslužbencih, če je to potrebno zaradi specifične narave njihovih nalog oziroma izvrševanja posebnih dolžnosti in pooblastil.