Reka je tako onesnažena, da je uvrščena v četrti kakovostni razred in je najbolj onesnažena reka v Republiki Sloveniji in tudi ena najbolj onesnaženih rek v Evropi.
Prebivalci (blizu 1.500 jih živi ob reki Ščavnici, vzhodno od mesta Ljutomer) so zato v poletnih mesecih od aprila do septembra izpostavljeni neznosnemu smradu, saj ima reka Ščavnica v poletnih mesecih zelo nizek pretok. Tako je srednje nizki pretok Ščavnice le 0,3 kubičnega metra na sekundo in nizki pretok le 0,18 kubičnega metra na sekundo oziroma meri v višino komaj nekaj centimetrov.