Ta razmerja niso spremenjena in so bila že v prejšnji ureditvi podobna ali pa skoraj dobesedno enaka. Gre za bistvo teh odnosov, ki je naslednje: organ v sestavi izvaja naloge v skladu z zakonom, drugimi predpisi, programom dela, ki ga sprejme minister na predlog predstojnika organa v sestavi, in finančnim načrtom, ki se sprejme v skladu z zakonom o javnih financah. Kar zadeva konkretne odnose, pa naslednje: Minister daje organu v sestavi ministrstva usmeritve za delo organa v sestavi.