V tej pogodbi se ureja vrsta stvari, ki so bile do samega podpisa pogodbe nedorečene na podlagi medrepubliškega dogovora iz 70-ih let prejšnjega stoletja. Takrat sta obe državi, Republika Slovenija in Republika Hrvaška, želeli postaviti jedrski elektrarni, eno v Krškem in drugo na Prevlaki pri Zagrebu, in sta šli - v današnjem jeziku bi temu rekli - v "Joint venture," v skupno investicijo najprej te elektrarne v Krškem, potem naj bi pa sledila še ona druga. Ta je bila izgrajena, ona druga pa nikoli ni bila izgrajena, čeprav se je projektna dokumentacija zanjo v resnici že pripravljala, ampak so potem takrat drugačni pogledi takratnega parlamenta o tem, ali je jedrska energija sploh sprejemljiva ali ni, botrovalo temu, da se je najprej slovenska skupščina odločila za moratorij na gradnjo jedrskih elektrarn, potem pa še jugoslovanska skupščina.