Če se ob pripravi teh naravovarstvenih smernic ugotovi, da bodo te akte poleg območij, ki imajo poseben status vključena tudi območja, na katere se nanašajo sprejeti programi s področja ohranjanja narave, se lahko strokovno gradivo izdela tudi za ta območja, vendar pa se štejejo zgolj kot neobvezno strokovno priporočilo pripravljavcem takšnih aktov.
Pomembna določba 31. člena je tudi ta, da se morajo naravovarstvene smernice pripraviti v roku 30 dni, izjemoma v roku 60 dni, ne več 6 mesecev ali več.
V postopku sprejemanja prostorskih aktov pa je treba pridobiti naravovarstveno mnenje, ki ga zakon opredeljuje kot mnenje o sprejemljivosti prostorske ureditve z vidika varstva narave.