Seveda pa je naloga komisije tudi spremljanje zakonitosti uporabe posebnih metod in sredstev.
Parlamentarni nadzor sedaj urejajo področni zakoni in poslovnik državnega zbora, kar v praksi povzroča različno razumevanje in tolmačenje medsebojnih obveznosti med službami in nadzorno komisijo. Včasih prihaja tudi do protislovnega položaja, da je komisija kot nadzorni organ za izvajanje nadzora odvisna od dobre volje nadzorovanega subjekta in obratno, saj ji le-ta v večini primerov poroča tisto, kar se je njemu zdelo primerno, da ji lahko poroča.