Glede posebnosti delovanja komisije zakon smotrno določa, da komisija svoje delovanje uredi s posebnim poslovnikom.
Omeniti velja, da je v zakonu določena še ena posebnost komisije, ki izhaja iz njenih pooblastil, za izvedbo neposrednih ukrepov nadzora obveščevalnih in varnostnih služb, naj bi komisija pooblastila največ tri svoje člane, to je pooblaščeno skupino, ki bi lažje izvedla te ukrepe in učinkoviteje varovala zaupnost podatkov, ki bi jih uvedli pri tem, seveda pa mora ta skupina na ustrezen način komisiji poročati o svojih ugotovitvah.
Zakon ureja tudi pristojnosti in naloge komisije, pri določitve pristojnosti in nalog komisije smo predlagatelji izhajali iz načela, da morajo te omogočiti učinkovit nadzor, hkrati pa ta nadzor ne sme ovirati učinkovitega delovanja teh služb.