V prehodnih določbah je agenciji dano pooblastilo, da lahko v letu 2002 in tri pri domačih bankah najame posojilo za kritje stroškov za vzdrževanje in modernizacijo javne železniške infrastrukture v znesku 8,25 milijarde vsako leto. Glede na zastoj v sprejemanju zakona, bo moral državni zbor določbe zakona, ki se nanašajo na leto 2002, spremeniti, saj so bila sredstva za to leto že zagotovljena z zakonom o poroštvu.
Zakon določa pristojnosti ministrstva za promet kot uravnalnega organa, ki je pristojen za reševanje pritožb zoper posamične upravne akte agencije, ki se nanašajo na dodeljevanje vlakovnih poti, določanje uporabnine ter izdaja licenc in varnostnih spričeval ter druga vprašanja, povezana z nediskriminatornim delovanjem v železniškem prometnem sistemu, tak organ zahtevajo določbe pravnega reda EU.