Funkcionalna neodvisnost pomeni, da je centralna banka pri svojem delovanju zavezana k enemu glavnemu cilju, in sicer k cilju zagotavljanja stabilnosti cen. Vsakršni dodatni cilji, ki bi jim morala slediti v svojem delovanju centralna banka, pomenijo odstop od tega cilja ter da centralna banka v svojem funkcionalnem smislu ni več neodvisna. Naša sedanja ureditev na tem področju Banki Slovenije postavlja dva cilja, in sicer skrb za stabilnost valute in splošno likvidnost plačevanja v državi in do tujine.