Predlog zakona ureja tudi področje organizacije službe, vse v zvezi s spremenjeno zakonodajo na področju že omenjenih sprememb organizacije državne uprave, na področju pravic in obveznosti javnih uslužbencev in na področju prekrškov. Pri tem je najpomembneje, da se carinska služba z zakonom določa kot organ v sestavi ministrstva za finance, predvsem zaradi številčnosti in obsežnosti organizacije te narave, zaradi raznovrstnosti in občutljivosti nalog, ki jih opravlja.
Zakon naj bi začel veljati naslednji dan po objavi v Uradnem listu, razen določb glede tako imenovanega prekrškovnega organa, kar je v skladu z zakonom o prekrških in se bodo začele te določbe uporabljati s 1. januarjem 2005.