Hkrati pa zakon upošteva odobreno prehodno obdobje, in sicer do 1. januarja 2007 za elektriko in do 1. maja 2004, ko se za naravni plin pričakuje, da bo dosedanji znesek, ki je nižji od evropskega minimuma, določenega z direktivo. Določijo se tudi novi višji zneski trošarine le za tista mineralna olja in plin, ki niso dosegla minimalnih zneskov iz direktive, to pa so letalski in osvinčeni bencin ter kerozin za pogonski namen.
Predlog zakona vsebuje še dopolnitve glede definicije imetnikov trošarinskih skladišč, glede na to, da vstopamo v enotni trg.