Predlagani zakon ne ustanavlja novih organov. Osrednji odgovorni organ za izvajanje tega zakona je uprava Republike Slovenije za varstvo rastlin in semenarstvo, ki je organ v sestavi ministrstva za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano in je bila ustanovljena že z zakonom o zdravstvenem varstvu rastlin.
Na ta način se tudi v nacionalni zakonodaji združuje sklop fitosanitarnih področij, tako kot jih združuje pravni red Evropske unije.