Hkrati je predlagatelj predlagal tudi amandmaje, in sicer k naslovu zakona, k 4. in 8. členu predloga zakona in k prilogi predloga zakona, kjer so navedene posamezne zbirke podatkov pod zaporednimi številkami IVZ. Na novo je predlagatelj predlagal še nekaj amandmajev, ki jih je odbor državnega zbora Republike Slovenije za zdravstvo, delo, družino in socialno politiko obravnaval na 62. seji dne 8.3. in 9.3.2000 in z nekaterimi spremembami v besedilu predlagal kot svoje.
Vlada Republike Slovenije je nato amandmaje k 4., 7., 8., in 9. členu in k poglavju 5, "Metodološka načela", k 13.a, k 14. in 15. členu v prilogi v točkah 1 do 12 predloga zakona podprla ter hkrati umaknila amandmaje k 4. in 8. členu zakona, in sicer zato, ker se je po daljši polemični razpravi na seji odbora izoblikovalo stališče, da se oblikuje novo, natančnejše besedilo amandmaja k 4. členu ter novo besedilo amandmaja k 8. členu, ki pa je redakcijske narave.