Neskladje v nerazumevanju temeljnih programov je bilo tudi v navodilu iz leta 1995 že v letu 1996, kljub temu pa minister ni izdal jasnih pismenih navodil ali zadeve drugače razčistil. Če bi veljale sedanje razlage ministra, potem za temeljne programe ni bilo namenjenih največ 76,6 milijarde tolarjev, kot piše v zakonu, pač pa mnogo več - koliko, tega ni mogoče ugotoviti, to očitno ve samo minister. Zato je tudi računsko sodišče zapisalo, da ob pomanjkljivih navodilih in neurejeni dokumentaciji niti vlada niti ministrstvo za obrambo niti ministrstvo za finance niso mogli imeti zadostnega pregleda nad stanjem temeljnih razvojnih programov.