Nekatere nevladne organizacije so imele tehtne pripombe, med njimi je dokaj utemeljeno predstavila prioritete tudi predstavnica slovenske fundacije za trajnostni razvoj, zato bi rad na tem mestu opozoril nanje. V študiji "Identifikacija in razčlenitev relevantnih okoljskih problemov in ciljev v Sloveniji" z opredelitvijo osnovnih ukrepov za izboljšanje stanja iz leta 1896, na katero se sklicujejo tudi avtorji predloga progama, so bile prioritete problemov varstva okolja določene po naslednjem vrstnem redu, od skupaj 55 problemov, ki se razlikuje od vrstnega reda prioritete v nacionalnem programu. Iz te študije izhaja, da so vrstni redi naslednji: prvič, onesnaževanje podtalnice; drugič, pesticidi v okolju; tretjič, kemično onesnaženje tal; četrtič, hrup zaradi prometa; petič, onesnaževanje zraka zaradi prometa; šestič, komunalni odpadki in tako dalje in tako dalje, vse do 55. točke.