Območja naravnih znamenitosti velikega pomena bi bilo potrebno zavarovati glede na njihove naravne kvalitete in danosti, na osnovi prioritetno postavljenega programa politike varstva narave. Menili so tudi, da je potrebno naravno znamenitost Škocjanski zatok upoštevati kot danost v urbanem prostoru mesta, ravno tako pa tudi upoštevati razvojne programe mesta in zagotoviti aktivno vlogo mestne občine pri pripravi in sprejemanju programa varstva in razvoja rezervata in prostorskega izvedbenega akta za rezervat. Menili so, da je naravni rezervat Škocjanski zatok naravna znamenitost, ki jo je mogoče tudi tržiti, zato so predlagali, da se v okviru območja rezervata zagotovijo tudi programi promocijskih, informativnih in izobraževalnih dejavnosti.