Škocjanski zatok je zato pomemben predstavnik mokrišč, to je tistih vrst biotopov, ki jim je urbanizacija do sedaj najmanj prizanašala, in zaradi tega tudi so mokrišča v prvi vrsti ogroženih biotopov pri nas in na svetu nasploh. O tem smo mimogrede ob svetovnem dnevu mokrišč tudi veliko govorili. Vzporedno seveda s samim mokriščem so ogrožene tudi rastlinske živalske vrste, vezane na tovrstni življenjski prostor.