Na tem območju, na območju Škocjanskega zatoka in bližnje okolice živi 41% vseh slovenskih dvoživk, 41% vseh slovenskih plazilcev, 55% v Sloveniji ogroženih vrst ptic in 36% v Sloveniji živečih sesalcev. Škocjanski zatok z okolico je posebnost med slovenskimi ekosistemi. To pogojujejo predvsem neposredna bližina morja, mediteranska klima in submediteranska vegetacija, kakor tudi sam ustroj in razsežnost zatoka.