Pri tem se pojavljajo določeni problemi, ker se programi PHARE pripravljajo za eno leto v naprej in se tudi ne iztečejo z vsakim proračunskim letom, ampak se sredstva PHARE prenašajo naprej, odvisno od časa trajanja projekta, določenega v finančnem memorandumu. Zato imajo ministrstva pri planiranju sredstev slovenske participacije zaradi tega določene težave, ker morajo sredstva planirati v naprej, poraba pa je za nazaj, poleg tega pa se naše finančno leto zaključi z 31.12. tekočega leta. Da bi bilo pri planiranju sredstev slovenske participacije čim manj težav, je Ministrstvo za finance 30. oktobra 1996 poslalo vsem resornim ministrstvom okrožnico in jih opozorilo, da je treba v proračunu Republike Slovenije za leto 1997 planirati sredstva programa PHARE in o tem priča priloga številka dve.