Resorna ministrstva, ki sodelujejo v tem programu, morajo slovenski delež prispevati oziroma zagotoviti sama iz svojih proračunskih sredstev. Običajno je po pravilih PHARA zahtevana soudeležba v višini 20 do 30% vrednosti projekta v ekujih. Pri tem se pojavljajo določeni problemi, ker se programi PHARE pripravljajo za eno leto v naprej in se tudi ne iztečejo z vsakim proračunskim letom, ampak se sredstva PHARE prenašajo naprej, odvisno od časa trajanja projekta, določenega v finančnem memorandumu.