Vse to je zahtevalo dodaten čas pri organiziranju in vzpostavljanju potrebnih struktur v smislu nove organizacije PHARE v Sloveniji, tako v okviru Ministrstva za finance, kot tudi Ministrstva za ekonomske odnose in razvoj. Za leto 1994 je od štirih milijonov ekujev za sodelovanje z Italijo neporabljenih 3,4 milijone ekujev, vendar so vsa ta sredstva po projektih že angažirana. Za leto 1995 je od 3 milijonov ekujev za sodelovanje z Italijo neporabljenih 2,6 milijonov ekujev, za sodelovanje z Avstrijo pa je od 3 milijonov ekujev neuporabljenih 2,7 milijonov ekujev.