Avtoceste lahko ogrožajo kakovost površinskih voda, v največji meri pa pitne podtalnice, ki je v Sloveniji najbolj pomemben vir zdrave pitne vode. Pri izgradnji avtocest smo glede zaščite voda dosegli v Sloveniji v ožjem gradbeno - tehničnem pogledu dostojno raven zaščite, ki nas v tem pogledu nedvomno uvršča med prve države v Evropi (to je manj znano prebivalcem). Pri bolj kompleksnih, tehnično - varnostnih in ekonomsko najbolj zahtevnih problemih zaščite voda pa nas konkretni primeri opozarjajo na strokovno neutemeljene in predrage rešitve, na primer zaščita pitne vode Ljubljane, Domžal, rižanskega vodovoda - primorskega vodovoda, ki so največji rezervoarji pitne vode v Sloveniji.