Sonaravno gospodarjenje z vodami zahteva trdno organiziranost načrtovanja in implementacije v strokovnem in organizacijskem pogledu pod okriljem enotne vodnogospodarske institucije, vodne uprave ali družbe za vode. Zakon ne predvideva potrebe po združevanju sredstev in po organizaciji, brez katere pa celostna vodno-gospodarska rešitev, na državnem kot na nivoju posameznih porečij, bo težko izvedljiva, če ne celo nemogoča.
Pri tem ne gre samo za racionalno porabo javnih investicijskih sredstev, temveč enako za racionalno upravljanje z zgrajenimi sistemi in napravami.