WFD določa tudi, da se morajo območja, zavarovana zaradi posebnih naravnih razmer, usklajevati z ostalimi rabami voda v okviru sistema vodnogospodarskega planiranja.
Predlagana razdelitev na pet vodnih območij je tvegana z vidika kontinuitete vzpostavljenih odnosov na terenu. Poleg tega pa kot taka ne pomeni prilagoditve zahtevam WFD.