Zakon o vodah ni zakon, v katerem bi specifično varovali vodne organizme, saj so ti že varovani na podlagi zakona o ohranjanju narave. WFD določa tudi, da se morajo območja, zavarovana zaradi posebnih naravnih razmer, usklajevati z ostalimi rabami voda v okviru sistema vodnogospodarskega planiranja.
Predlagana razdelitev na pet vodnih območij je tvegana z vidika kontinuitete vzpostavljenih odnosov na terenu.