Zakon ne vsebuje določil, ki bi opredeljevala pravno varnost uporabnikov vode in imetnikov vodnih pravic. Treba je določiti kriterije za določitev stopnje javnega interesa, ki je pomembna za sistem izločanja uporabnikov voda v izrednih razmerah, za določanje višine primerne odškodnine, za določitev meja med obveznostmi države in drugih soinvestitorjev.
Poglavje o organiziranosti v zakonu o vodah ne podaja dovolj jasno prihodnje strukture gospodarjenja z vodami.