Poleg teh ustavnih nedorečenosti zasledimo v tem zakonu nejasnost tudi pri pristojnosti ministrstva. Gre za to, da niti ni jasno definirano, katero ministrstvo je pravzaprav sploh odgovorno za področje voda v tem zakonu. To je ena od izredno ključnih pomanjkljivosti, kajti ne moremo si privoščiti, da govorimo na splošno o tem, da je nekdo kot ministrstvo, pravzaprav kot neka institucija, odgovoren za vode, ne vemo pa potem niti sami, katero ministrstvo sploh to je.