V bistvu stvar - oziroma čemu tak boj ali pregovarjanje okoli agencij - pa je v tem, da na ta način nekako prebijemo oziroma v bistvu prebijemo to togo pozicijo raziskovalne sfere, prebijemo neko mejo sistema, sistema togih vladnih, hierarhičnih vladnih organizacij. Razprava je tekla predvsem v tem smislu, ali naj bi bila agencija - ena ali več - popolnoma neodvisna od ministrstva; to pomeni, da bi lahko sama popolnoma razpolagala s sredstvi, ministrstvo naj bi si sicer v okviru vsakoletnega proračuna poskušalo pridobiti čimveč sredstev, nakar bi agencija neodvisno od politike ministrstva lahko ta denar razdeljevala. Seveda si lahko predstavljate, kakšno močno lobiranje oziroma kako bi stvar potekala, saj bi lahko dejansko nekaj močnih institucij z močnimi zastopniki v teh agencijah pridobili vsa raziskovalna sredstva, ostala raziskovalna sfera bi pa lahko propadla.