Z uvajanjem pravnega reda Evropske unije pa je potrebno pripraviti tudi institucionalne spremembe. V letošnjem letu smo že ustanovili direkcijo za železniški promet, v kratkem pa bo potrebno oblikovati še neodvisni regulatorni organ na področju telekomunikacij in na področju pošte. Reorganizacija služb, vodenja in kontrole zračnega prometa, zagotovitev delovanja neodvisnega in samostojnega preiskovalnega organa, katerega delovno področje naj bi se osredotočilo predvsem na preiskovanje in preprečevanje letalskih nesreč in incidentov, spremljanje varnosti v letalstvu, preventivno delovanje, zmanjševanje tveganj, sodelovanje z mednarodnimi organizacijami.