Med pomembnejše naloge spada tudi gradnja in upravljanje meddržavnih in maloobmejnih mejnih prehodov. Ravno pri tej nalogi servisu primanjkuje sredstev in tako so se nekateri mejni prehodi znašli v nevzdržnem položaju, saj državni organi, ki nadzorujejo mejo, carinska uprava, mejna policija, veterinarska in fitosanitarna inšpekcija, ne morejo opravljati svojih nalog, kot to zahtevajo evropski standardi. Mejni prehodi Obrežje, Gruškovje in Jelšane so sanitarno neurejeni in tehnično neprimerno opremljeni, zatorej je nujno potrebno zagotoviti sredstva za njihovo ureditev oziroma skladno z zahtevami Evropske unije.