Zanemarjanje strokovnega in znanstveno-raziskovalnega dela ter izrazita favorizacija turističnega ribolova ter farmskega ribogojstva, v kar sta zavod v veliki meri pahnila država in ministrstvo za kmetijstvo, so povzročili nevarno erozijo strokovnega ugleda in avtoritete zavoda za ribištvo Ljubljana. Prav to je tudi razlog za zgodbo, ki se je začela pred tremi leti, točneje leta 1996, v zvezi z določitvijo ribiških rajonov in ribiških okolišev ter izločitvijo posameznih voda iz ribiških okolišev. V 9. točki interpelacije o delu in odgovornosti ministra za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano podrobneje pišemo tudi o tej zadevi; gre za ribolovni režim na reki Soči in reki Bohinjki.