Poleg tega naj bi upravljal z varstvenimi vodami, za katere seveda velja varstveni režim. To pomeni, da je v njih dovoljena le sonaravna vzreja avtohtonih rib, morebitni ribolov na teh vodah pa bi moral biti zelo omejen, kajti športni ribolov in znanstveno raziskovalno delo seveda ne gresta skupaj eden z drugim. Zato preseneča dejstvo, da se vodstvo zavoda tu in tam hvali s številom prodanih turističnih ribolovnic.