V obdobju po osamosvojitvi ministrstvo za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano s svojo kadrovsko politiko in notranjo organiziranostjo ni sledilo nespornim novim in obsežnim nalogam, ki jih je to ministrstvo prevzelo, najprej s tem, ko smo postali samostojna država in kasneje s prevzemom nalog, ki izhajajo iz projekta prilaganja kmetijstva za prevzem skupne kmetijske politike. Šele v drugi polovici leta 1998, ko je vlada Republike Slovenije sprejela predlog za nove zaposlitve na ministrstvu za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano, se je sploh lahko pričel proces kadrovske in organizacijske usposobitve ministrstva za učinkovitejše izvajanje nalog.
Ministrstvo za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano za ustrezno izvedbo uskladitve zakonodaje stalno spremlja skupno kmetijsko politiko EU, ki se je v času, ko se je Slovenija odločila za pristop k Evropski uniji, večkrat dopolnjevala.