Organi, ki upravljajo sklad kmetijskih zemljišč in gozdov, so direktor sklada, ki ga na predlog vlade Republike Slovenije imenuje državni zbor, svet sklada, ki ga imenuje in razrešuje državni zbor na predlog vlade Republike Slovenije in šteje 8 članov in predsednika. V svetu je 5 predstavnikov ustanoviteljev in predstavnik zakupnikov oziroma uporabnikov ter en predstavnik delavcev sklada; nadzorni odbor sklada kmetijskih zemljišč in gozdov Republike Slovenije, ki ga imenuje državni zbor in šteje 5 članov.
Nadzor - glejte, glede nadzora bi lahko trdil, da se v 9. členu dosledno navaja takole: "Sklad je za svoje delo odgovoren vladi Republike Slovenije in o svojem delu poroča najmanj enkrat letno.