Sklad kmetijskih zemljišč in gozdov Republike Slovenije ni organ v sestavi ministrstva za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano in je na osnovi zakona samostojna pravna oseba, organizirana v skladu z zakonom o javnih zavodih. Organi, ki upravljajo sklad kmetijskih zemljišč in gozdov, so direktor sklada, ki ga na predlog vlade Republike Slovenije imenuje državni zbor, svet sklada, ki ga imenuje in razrešuje državni zbor na predlog vlade Republike Slovenije in šteje 8 članov in predsednika. V svetu je 5 predstavnikov ustanoviteljev in predstavnik zakupnikov oziroma uporabnikov ter en predstavnik delavcev sklada; nadzorni odbor sklada kmetijskih zemljišč in gozdov Republike Slovenije, ki ga imenuje državni zbor in šteje 5 članov.