Na tako odločbo se je veterinarska zbornica Slovenije pritožila najprej na ministrstvo, z namenom, da se odloži izvršba odločbe, vendar je ministrstvo to zavrnilo. Zato se je veterinarska zbornica odločila za tožbo v upravnem sporu na upravnem sodišču v Ljubljani, v kateri je tudi uspela, saj je upravno sodišče najprej začasno odložilo izvršitev dokončne odločbe ministrstva do izdaje pravnomočne sodbe odločbe v upravnem postopku, kasneje pa tudi razsodilo, da se odločba ministrstva z dne 30.6.1998 odpravi in vrne ministrstvu v ponovno odločanje. Zaradi tega je bila veterinarska zbornica Slovenija v času od izdaje odločbe o odvzemu javnih pooblastil za opravljanje nalog iz 3. in 6. točke 104. člena do sklepa sodišča o začasni odložitvi izvršitve dokončne odločbe ministrstva brez javnih pooblastil.