Ob teh nepravilnostih, ki jih je ministrstvo za kmetijstvo toleriralo, je proračunska inšpekcija opozorila tudi na vrsto pomanjkljivosti v pogodbah za koriščenje sredstev med občino in koristniki oziroma prejemniki sredstev, kjer ni opredeljen namen in vrsta dokazil o investiranju.
Strokovni službi, ki je opravila pregled vlog in njihovo vsebinsko ustreznost, niso bila dana operativna navodila, kar je imelo za posledico nepravilno trošenje proračunskih sredstev. Zato je inšpekcija ugotovila, da mora ministrstvo za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano izvesti lastno notranjo kontrolo pri prejemnikih sredstev, kot je predvideno v 4. členu medsebojne pogodbe, s katero se upravičenec zavezuje, da bo vrnil vsa nenamensko uporabljena sredstva, ki jih je prejel po razpisnih pogojih, in to z zakonitimi obrestmi vred.