Tako je ponekod ministrstvo sofinanciralo celoten projekt pospeševanja kmetijstva v občinah in ni preverjalo deleža sredstev občine pri sofinanciranju pospeševanja kmetijstva, kot to določa javni razpis za sofinanciranje programa pospeševanja kmetijstva, ki jih izvajajo občine.
Ob teh nepravilnostih, ki jih je ministrstvo za kmetijstvo toleriralo, je proračunska inšpekcija opozorila tudi na vrsto pomanjkljivosti v pogodbah za koriščenje sredstev med občino in koristniki oziroma prejemniki sredstev, kjer ni opredeljen namen in vrsta dokazil o investiranju.
Strokovni službi, ki je opravila pregled vlog in njihovo vsebinsko ustreznost, niso bila dana operativna navodila, kar je imelo za posledico nepravilno trošenje proračunskih sredstev.